دانشکده حفاظت آثار فرهنگی (هنرهای کاربردی سابق) در سال 1378 همزمان با تاسیس دانشگاه هنر اسلامی تبریز فعالیت آموزشی و پژوهشی خود را آغاز کرد.  با هدف توسعه فعالیت­های دانشگاه در حوزه حفاظت از آثار و میراث فرهنگی، هنری و تاریخی، رشته کارشناسی مرمت آثار تاریخی در سال 1387 در این دانشکده تاسیس شد.  با رشد روزافزون علمی و تفکیک رشته های مختلف دانشکده هنرهای کاربردی و متعاقبا افزایش رشته های علمی در حوزه مطالعات آثار فرهنگی - تاریخی و جذب نیروهای متخصص این حوزه، از سال 1399 نام دانشکده هنرهای کاربردی به دانشکده حفاظتِ آثار فرهنگی تغییر یافت. با توجه به اهمیت شناخت علمی از فرآیندهای باستانی و باستان سنجی کشور، این دانشکده در سال 1390 با انجام مطالعات تخصصی برای نخستین بار در کشور اقدام به آماده سازی و تدوین سرفصل دروس کارشناسی ارشد باستان سنجی بر اساس نیازهای بومی و تجربه های بین المللی نمود که پس از طی مراحل تصویب در وزارت علوم، تحقیقات و فناوری از مهرماه 1391 پذیرش دانشجو در این رشته  آغاز شد. از سال 1396 کارشناسی ارشد باستان شناسی در گرایش دوره اسلامی و متعاقب آن در سال 1398 کارشناسی ارشد مرمت اشیاء فرهنگی و تاریخی و کارشناسی ارشد باستان شناسی پیش از تاریخ نیز در این دانشکده راه اندازی گردید. امید آن می رود که در آینده، حوزه مطالعات موزه داری و گردشگری نیز در این دانشکده راه اندازی شود. دانشکده حفاظت آثار فرهنگی در حال حاضر در سه رَبع آموزشی- پژوهشی فعالیت می کند:

ربع آموزشی- پژوهشی مرمت و باستان سنجی:
این ربع عهده دار مطالعات فنی، حفاظت و درمان آثار فرهنگی است و 11 عضو هیئت علمی اصلی و وابسته دارد. متخصصین امر، در این ربع در رشته های کارشناسی مرمت آثار تاریخی، کارشناسی ارشد مرمت اشیاء فرهنگی و تاریخی، باستان سنجی با دو گرایش آثار و مواد آلی و آثار و مواد معدنی به تربیت دانشجو می پردازند. محورها و حوزه های پژوهشی در این ربع شامل:
-شناخت و تجزیه - تحلیل علمی مواد فرهنگی و هنری (آثار منقول و غیر منقول)
- مطالعه در روشهای حفاظت و مرمت آثار و تزئینات معماری

ربع آموزشی- پژوهشی باستان شناسی:
ربع باستانشناسی عهده دار مطالعات علمی و باستان شناسی محوطه های فرهنگی و تاریخی و آثار باستانی است و شامل 10 عضو هیئت علمی اصلی و وابسته می باشد. از جمله مهمترین حوزه های مطالعاتی این ربع در دوره اسلامی تمرکز بر محوطه تاریخی ربع رشیدی متعلق به دوره ایلخانی در شهر تبریز و در دوره پیش از تاریخ  تمرکز بر محوطه باستانی یانیق تپه از محوطه های شاخص شمال غرب کشور است. در این ربع اساتید در رشته ­های کارشناسی ارشد باستان شناسی در دو گرایش دوره اسلامی و پیش از تاریخ به تربیت متخصصین باستان شناسی مشغول هستند.
محورها و حوزه های پژوهشی در این ربع شامل دو حوزه زیر است که با تاکید بر مطالعات شمال غرب کشور و کشورهای همجوار آن انجام می شود:
-باستان شناسی دوره اسلامی
-باستان شناسی پیش از تاریخ و تداوم فرهنگی آن
 
ربع آموزشی- پژوهشی موزه داری و گردشگری
با توجه به ظرفیت گردشگری، مواد و آثار فرهنگی موجود در آثار خانه ها و مجموعه های کشور و به ویژه اماکن زیارتی و با تاکید بر گسترش فعالیتهای علمی در حوزه گردشگری اسلامی، گردشگری حلال و گردشگری تاریخی، ربع گردشگری و موزه داری  در سال 1399 تاسیس گردید و اقدامات اولیه برای جذب هیئت علمی و تجهیز  زیر ساخت­های اصلی جهت راه اندازی و تربیت متخصصین مربوطه در حال انجام است.