دانشکده حفاظت آثار فرهنگی (با نام پیشین دانشکده هنرهای کاربردی) در سال ۱۳۷۸، هم‌زمان با تأسیس دانشگاه هنر اسلامی تبریز، فعالیت آموزشی و پژوهشی خود را آغاز کرد. به‌منظور گسترش فعالیت‌های دانشگاه در حوزه‌ی حفاظت از آثار و میراث فرهنگی، هنری و تاریخی، رشته‌ی کارشناسی مرمت آثار تاریخی در سال ۱۳۸۷ در این دانشکده تأسیس شد. با رشد علمی دانشگاه، تفکیک رشته‌های تخصصی و افزایش گرایش‌های مرتبط با مطالعات آثار فرهنگی ـ تاریخی، و نیز جذب اعضای هیئت علمی متخصص در این حوزه، از سال ۱۳۹۹ نام دانشکده هنرهای کاربردی به دانشکده حفاظت آثار فرهنگی تغییر یافت. با توجه به اهمیت شناخت علمیِ فرآیندهای باستانی و مطالعات باستان‌سنجی در کشور، این دانشکده در سال ۱۳۹۰ با انجام مطالعات تخصصی، برای نخستین بار در ایران اقدام به تدوین و آماده‌سازی سرفصل‌های دوره‌ی کارشناسی ارشد باستان‌سنجی بر پایه‌ی نیازهای بومی و تجربیات بین‌المللی نمود. پس از تصویب این برنامه در وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، از مهرماه ۱۳۹۱ پذیرش دانشجو در این رشته آغاز شد. در ادامه‌ی توسعه‌ی رشته‌ها، از سال ۱۳۹۶ دوره‌ی کارشناسی ارشد باستان‌شناسی گرایش دوره اسلامی و به‌دنبال آن در سال ۱۳۹۸ دو رشته‌ی کارشناسی ارشد مرمت اشیاء فرهنگی و تاریخی و باستان‌شناسی پیش از تاریخ نیز در این دانشکده راه‌اندازی گردید. همچنین در سال 1403 دانشکده موفق به پذیرش دوره دکتری رشته باستان شناسی گردید. امید می‌رود در آینده‌ی نزدیک، رشته‌های جدیدی در حوزه‌ی موزه‌داری و گردشگری فرهنگی نیز به مجموعه‌ی آموزشی این دانشکده افزوده شوند.
گروه آموزشی ـ پژوهشی مرمت و باستان‌سنجی
این گروه عهده‌دار مطالعات فنی، حفاظتی و درمان آثار فرهنگی است و دارای ۱۱ عضو هیئت علمی اصلی و وابسته است. متخصصان این حوزه در رشته‌های کارشناسی مرمت آثار تاریخی، کارشناسی ارشد مرمت اشیاء فرهنگی و تاریخی و کارشناسی ارشد باستان‌سنجی به تربیت دانشجو می‌پردازند.
محورها و حوزه‌های پژوهشی این گروه شامل موارد زیر است:
گروه آموزشی ـ پژوهشی باستان‌شناسی
این گروه مسئول انجام مطالعات علمی و میدانی در زمینه‌ی باستان‌شناسی محوطه‌های فرهنگی، تاریخی و آثار باستانی است و ۱۰ عضو هیئت علمی اصلی و وابسته دارد. از جمله مهم‌ترین حوزه‌های مطالعاتی این گروه در دوره‌ی اسلامی، تمرکز بر محوطه‌ی تاریخی استان آذربایجان شرقی و شمال غرب کشور است اعضای هیئت علمی این گروه در رشته‌ی کارشناسی ارشد باستان‌شناسی با سه گرایش «دوره‌ی اسلامی» «دوره‌ی تاریخی» و «پیش از تاریخ» به تربیت متخصصان این حوزه می‌پردازند.
گروه باستان شناسی در سه مقطع تحصیلی کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری دانشجو پذیرش میکند و در حال راه اندازی دوره پسا دکتری دانشکده نیز می‌باشد.
محورها و حوزه‌های پژوهشی این گروه با تأکید بر مطالعات شمال‌غرب کشور و مناطق هم‌جوار عبارت‌اند از:
رشته ها و ساختار آموزشی دانشکده